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資料2_全ゲノム解析等に係るAMED研究について (4 ページ)
出典
| 公開元URL | https://www.mhlw.go.jp/stf/newpage_27458.html |
| 出典情報 | 厚生科学審議会 科学技術部会全ゲノム解析等の推進に関する専門委員会（第11回 8／19）《厚生労働省》 |
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データベース構築に関する進捗状況 ～B班～
＜全体＞
FASTQデータ受領数（T/Nペア確定数）
データ確定数（QC完了数）
がん種
消化器
がん
代表機関・代表者
東京大学
柴田龍弘
出検数
計画：1,400症例
WGS
RNA-seq
WGS
血液がん
京都大学
南谷泰仁
RNA-seq
WGS
小児がん
東京大学
加藤元博
RNA-seq
WGS
希少がん
東京大学
松田浩一
RNA-seq
婦人科
がん
がん研
有明病院
呼吸器
がん他
国立がん研
究
センター
WGS
森誠一
RNA-seq
WGS
河野隆志
RNA-seq
1,400
（出検完了）
1,400
（出検完了）
1,400
（出検完了）
747
（出検完了）
1,472
（出検完了）
1,015
（出検完了）
1,558
（出検完了）
1,396
（出検完了）
1,400
（出検完了）
1,366
（出検完了)
1,400
（出検完了）
1,149
（出検完了）
(進捗：6/20→7/20)
1_データベース構築
7,110 → 7,441
N：5,718 → 6,735、T：5,738 → 6,755
FASTQ データ受領数
(T/Nペア確定数)
983 → 988
データ確定数
(QC完了数)
塩基数，QV
N: 865/865, 865/865
T: 848/865, 865/865
備考
50 → 50
862 → 1,315 ※
N: 1302/1307, 1307/1307 RNA-seqの出検数は、検
T: 1269/1307, 1306/1307 体品質不良分を除いた数。
RNA-seq58検体分のデー
タを提供予定
0
1,420 → 1,157 ※
N:918/922, 922/922
T:915/922, 922/922
０
1,408 → 1,481
N:1423/1428, 1428/1428
T:1416/1428, 1428/1428
０
1,379 → 1,400
QC不良症例の再選択・再
提出を完了
N: 1201/1205, 1205/1205
T: 1115/1205, 1205/1205 組織で1,239検体
DNAで388検体を出検済
み（QC不良対応含む）
０
1,058 → 1,100
データ不足等の場合は再
度差し替えなどを検討
N: 1008/1008, 1008/1008
T: 1028/1028, 1028/1028 QC不良症例の再選択・再
0
提出を完了
※出検時のID付与エラーにより前回報告より数値の変更あり
注１：FASTQデータは、症例IDに基づきペアをカウント
注２：QCは、研究班から提供されたペアリストを元に集計
注３：分割納品によるデータ統合が必要な症例の統合前のものが一部症例に含まれる（それらの症例は塩基数が不足）
4
＜全体＞
FASTQデータ受領数（T/Nペア確定数）
データ確定数（QC完了数）
がん種
消化器
がん
代表機関・代表者
東京大学
柴田龍弘
出検数
計画：1,400症例
WGS
RNA-seq
WGS
血液がん
京都大学
南谷泰仁
RNA-seq
WGS
小児がん
東京大学
加藤元博
RNA-seq
WGS
希少がん
東京大学
松田浩一
RNA-seq
婦人科
がん
がん研
有明病院
呼吸器
がん他
国立がん研
究
センター
WGS
森誠一
RNA-seq
WGS
河野隆志
RNA-seq
1,400
（出検完了）
1,400
（出検完了）
1,400
（出検完了）
747
（出検完了）
1,472
（出検完了）
1,015
（出検完了）
1,558
（出検完了）
1,396
（出検完了）
1,400
（出検完了）
1,366
（出検完了)
1,400
（出検完了）
1,149
（出検完了）
(進捗：6/20→7/20)
1_データベース構築
7,110 → 7,441
N：5,718 → 6,735、T：5,738 → 6,755
FASTQ データ受領数
(T/Nペア確定数)
983 → 988
データ確定数
(QC完了数)
塩基数，QV
N: 865/865, 865/865
T: 848/865, 865/865
備考
50 → 50
862 → 1,315 ※
N: 1302/1307, 1307/1307 RNA-seqの出検数は、検
T: 1269/1307, 1306/1307 体品質不良分を除いた数。
RNA-seq58検体分のデー
タを提供予定
0
1,420 → 1,157 ※
N:918/922, 922/922
T:915/922, 922/922
０
1,408 → 1,481
N:1423/1428, 1428/1428
T:1416/1428, 1428/1428
０
1,379 → 1,400
QC不良症例の再選択・再
提出を完了
N: 1201/1205, 1205/1205
T: 1115/1205, 1205/1205 組織で1,239検体
DNAで388検体を出検済
み（QC不良対応含む）
０
1,058 → 1,100
データ不足等の場合は再
度差し替えなどを検討
N: 1008/1008, 1008/1008
T: 1028/1028, 1028/1028 QC不良症例の再選択・再
0
提出を完了
※出検時のID付与エラーにより前回報告より数値の変更あり
注１：FASTQデータは、症例IDに基づきペアをカウント
注２：QCは、研究班から提供されたペアリストを元に集計
注３：分割納品によるデータ統合が必要な症例の統合前のものが一部症例に含まれる（それらの症例は塩基数が不足）
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