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資料３－２ 鈴木先生提出資料 (87 ページ)
出典
| 公開元URL | https://www.mhlw.go.jp/stf/seisakunitsuite/bunya/0000121431_00348.html#h2_free5 |
| 出典情報 | 新型コロナウイルス感染症対策アドバイザリーボード（第96回 8／24）《厚生労働省》 |
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新型コロナウイルスゲノムサーベイランスにおけるBA.5検出の推定
BA.5検出率および推定検出率の解析
•
ゲノム解析データを基に、PANGO lineageを決定（病原体ゲノム解析研究センターで実施）して集計。
•
第20疫学週から第32疫学週までのBA.5系統(以下、BA.5という）検出数および総ゲノム解析数（解析不能分を除く）をもとに解析し、直近
1週前の週までを検出割合として図示
•
BA.5系統にPANGO lineage上の亜系統であるBEおよびBFの両系統を加えて解析を行った。
•
全てのウイルスがオミクロン株BA.5に置き換わることを前提に、Lineageが判明した検体数に占めるBA.5の割合をロジスティック成長モデ
ルにフィットさせ、週ごとの推定を行った。また、各系統・株の検出割合を多項ロジスティック回帰モデルにフィットさせ、週ごとの検出
割合の推定を行った。
解釈に当たってのコメント
•
全国の自治体から報告され、国立感染症研究所で集計されたデータには、孤発例やクラスター事例など様々な検体が混在していると考えら
れるが、BA.5系統の置き換わりの動向が把握できると考えられる。
•
実際のBA.5検出の推移と本解析との検証が必要であると考えられる。
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BA.5検出率および推定検出率の解析
•
ゲノム解析データを基に、PANGO lineageを決定（病原体ゲノム解析研究センターで実施）して集計。
•
第20疫学週から第32疫学週までのBA.5系統(以下、BA.5という）検出数および総ゲノム解析数（解析不能分を除く）をもとに解析し、直近
1週前の週までを検出割合として図示
•
BA.5系統にPANGO lineage上の亜系統であるBEおよびBFの両系統を加えて解析を行った。
•
全てのウイルスがオミクロン株BA.5に置き換わることを前提に、Lineageが判明した検体数に占めるBA.5の割合をロジスティック成長モデ
ルにフィットさせ、週ごとの推定を行った。また、各系統・株の検出割合を多項ロジスティック回帰モデルにフィットさせ、週ごとの検出
割合の推定を行った。
解釈に当たってのコメント
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全国の自治体から報告され、国立感染症研究所で集計されたデータには、孤発例やクラスター事例など様々な検体が混在していると考えら
れるが、BA.5系統の置き換わりの動向が把握できると考えられる。
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実際のBA.5検出の推移と本解析との検証が必要であると考えられる。
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