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資料２ 全ゲノム解析等に係るAMED研究について (3 ページ)
出典
| 公開元URL | https://www.mhlw.go.jp/stf/newpage_31469.html |
| 出典情報 | 厚生科学審議会 科学技術部会全ゲノム解析等の推進に関する専門委員会（第14回 3／9）《厚生労働省》 |
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データベース構築に関する進捗状況 ～A班～
● FASTQデータ受領数（T/Nペア確定数）
R3年度 ➣ WGS
➣ RNA-seq
：
1,500 → 1,499
：
1,367 → 1,379
● データ確定数（QC完了数）
※2
● FASTQデータ受領数（T/Nペア確定数）
R4年度 ➣ WGS
➣ RNA-seq
：
508 →
600
：
24 →
73
：塩基数，QV共に確定した数
➣ WGS
： N : 1,499 → 1,497
T
: 1,500 → 1,499
➣ RNA-seq
： N :
0→
424
T
:
499 → 1,379
● データ確定数（QC完了数）
➣ WGS
： N :
277 →
599
T
:
280 →
600
➣ RNA-seq
： N :
0→
36
T
:
0→
73
R3年度
代表機関・代表者
国立がん
研究
センター
出検数
計画：500症例
WGS
角南
久仁子
浦上
研一
上野
貴之
FASTQ データ
受領数
(T/Nペア確定数)
データ確定数
(QC完了数)
塩基数，QV
出検数
計画：600+α
症例
FASTQ データ
受領数
(T/Nペア確定数)
データ確定数
(QC完了数)
塩基数，QV
501
N:500/500,500/500
T:501/501,501/501 ※１
389 → 572
039 → 65
N:40/65,40/65
T:40/65,40/65
前向き症例の
同意取得数
500
（出検完了）
500
（出検完了）
499
T: 499/499
N:499/499, 499/499
T:499/499, 499/499
499
389 → 572
24
604 → 632
122
T: 24/24
N:121/121, 121/121
T:122/122, 122/122
615 → 650
RNA
-seq
WGS
がん研
有明病院
R4年度
511 → 599
RNA
-seq
WGS
静岡がん
センター
500
（出検完了）
1_データベース構築
(1/20→ 2/20)
500
（出検完了）
500
（出検完了）
451 → 455
※2
500 → 499
N:424/424
T: 455/455
N:498/498, 498/498
T:472/499, 499/499
525 → 542
0 → 36
533 → 680
347 → 413
N:36/36
T: 36/36
N:413/413, 413/413
T:377/413, 413/413
698 → 804
RNA
-seq
500
（出検完了）
417 → 425
T: 425/425
466 → 590
0 → 13
T: 13/13
※1 角南班：500症例の中に重複がん（1症例で腫瘍検体が2つ）が2症例含まれるため、腫瘍検体（T）受領数は502の予定。
※2 上野班：1症例同意撤回。
注１：数値は速報値
注２：FASTQデータは、症例IDに基づきペアをカウント（T/Nペア確定数をカウント）
注３：QCは、研究班から提供されたペアリストを元に集計（ペアリストが解析班に届いていない症例は集計には含まれていない）
注４：分割納品によるデータ統合が必要な症例の統合前のものが一部症例に含まれる（それらの症例は塩基数が不足）
3
● FASTQデータ受領数（T/Nペア確定数）
R3年度 ➣ WGS
➣ RNA-seq
：
1,500 → 1,499
：
1,367 → 1,379
● データ確定数（QC完了数）
※2
● FASTQデータ受領数（T/Nペア確定数）
R4年度 ➣ WGS
➣ RNA-seq
：
508 →
600
：
24 →
73
：塩基数，QV共に確定した数
➣ WGS
： N : 1,499 → 1,497
T
: 1,500 → 1,499
➣ RNA-seq
： N :
0→
424
T
:
499 → 1,379
● データ確定数（QC完了数）
➣ WGS
： N :
277 →
599
T
:
280 →
600
➣ RNA-seq
： N :
0→
36
T
:
0→
73
R3年度
代表機関・代表者
国立がん
研究
センター
出検数
計画：500症例
WGS
角南
久仁子
浦上
研一
上野
貴之
FASTQ データ
受領数
(T/Nペア確定数)
データ確定数
(QC完了数)
塩基数，QV
出検数
計画：600+α
症例
FASTQ データ
受領数
(T/Nペア確定数)
データ確定数
(QC完了数)
塩基数，QV
501
N:500/500,500/500
T:501/501,501/501 ※１
389 → 572
039 → 65
N:40/65,40/65
T:40/65,40/65
前向き症例の
同意取得数
500
（出検完了）
500
（出検完了）
499
T: 499/499
N:499/499, 499/499
T:499/499, 499/499
499
389 → 572
24
604 → 632
122
T: 24/24
N:121/121, 121/121
T:122/122, 122/122
615 → 650
RNA
-seq
WGS
がん研
有明病院
R4年度
511 → 599
RNA
-seq
WGS
静岡がん
センター
500
（出検完了）
1_データベース構築
(1/20→ 2/20)
500
（出検完了）
500
（出検完了）
451 → 455
※2
500 → 499
N:424/424
T: 455/455
N:498/498, 498/498
T:472/499, 499/499
525 → 542
0 → 36
533 → 680
347 → 413
N:36/36
T: 36/36
N:413/413, 413/413
T:377/413, 413/413
698 → 804
RNA
-seq
500
（出検完了）
417 → 425
T: 425/425
466 → 590
0 → 13
T: 13/13
※1 角南班：500症例の中に重複がん（1症例で腫瘍検体が2つ）が2症例含まれるため、腫瘍検体（T）受領数は502の予定。
※2 上野班：1症例同意撤回。
注１：数値は速報値
注２：FASTQデータは、症例IDに基づきペアをカウント（T/Nペア確定数をカウント）
注３：QCは、研究班から提供されたペアリストを元に集計（ペアリストが解析班に届いていない症例は集計には含まれていない）
注４：分割納品によるデータ統合が必要な症例の統合前のものが一部症例に含まれる（それらの症例は塩基数が不足）
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