よむ、つかう、まなぶ。
資料２ 全ゲノム解析等に係るAMED研究について (4 ページ)
出典
| 公開元URL | https://www.mhlw.go.jp/stf/newpage_31469.html |
| 出典情報 | 厚生科学審議会 科学技術部会全ゲノム解析等の推進に関する専門委員会（第14回 3／9）《厚生労働省》 |
ページ画像
ダウンロードした画像を利用する際は「出典情報」を明記してください。
低解像度画像をダウンロード
プレーンテキスト
資料テキストはコンピュータによる自動処理で生成されており、完全に資料と一致しない場合があります。
テキストをコピーしてご利用いただく際は資料と付け合わせてご確認ください。
データベース構築に関する進捗状況 ～B班～
➣ WGS
： 8,352
→
8,352
➣ WGS
➣ RNA-seq ： 5,548
→
5,658
➣ RNA-seq ： N :
がん種
消化器
がん
血液がん
小児がん
希少がん
代表機関・代表者
出検数
計画：1,400症例
WGS
東京大学
柴田龍弘
RNA-seq
京都大学
東京大学
東京大学
婦人科
がん
がん研
有明病院
呼吸器
がん他
国立がん研
究
センター
1_データベース構築
：塩基数，QV共に確定した数
● データ確定数（QC完了数）
● FASTQデータ受領数（T/Nペア確定数）
全体
(1/20→ 2/20)
1,400
（出検完了）
1,400
（出検完了）
： N : 8,001 → 8,176
FASTQ データ受領数
(T/Nペア確定数)
1,209
※１
0→
2
N:1194/1194,1194/1194
T:1173/1209,1209/1209
01,026 → 1,030
1,400
（出検完了）
1,397
RNA-seq
747 ※2
（出検完了）
747
WGS
1,472
（出検完了）
1,469
RNA-seq
1,015
（出検完了）
882
WGS
1,487 ※4
（出検完了）
1,487
RNA-seq
1,396
（出検完了）
1,336
WGS
1,400
（出検完了）
1,390 ※5
RNA-seq
1,366
（出検完了)
0,505 → 0,526
T:526/526
WGS
1,400
（出検完了）
1,400
N:1135/1135,1135/1135
T:1156/1156,1156/1156
RNA-seq
1,149
（出検完了）
1,052 → 1,137
加藤元博
松田浩一
森誠一
河野隆志
T :
データ確定数
(QC完了数)
塩基数，QV
WGS
南谷泰仁
T : 8,061 → 8,065
N:1324/1330,1330/1330
T:1292/1330,1329/1330
N:1460/1469,1469/1469
T:1444/1469,1469/1469
T:882/909 ※3
0 → 2,784
備考
※１：1社から300症例を受領。
追加シークエンス予定。
※２：検体の性質により、
RNAを取得できない症例あり。
※３：１症例で複数のFASTQ
データがある症例あり。
N:1477/1487,1487/1487
※４：目標の症例数を達成し
T:1497/1511,1511/1511 ※4 た上で、初発・再発解析を実
N:2/2
T:1323/1349
N:1367/1390,1390/1390
T:1269/1390,1390/1390
施した症例あり。
（最大1,558)
※５：同意撤回等（10症例）
注１：数値は速報値
注２：FASTQデータは、症例IDに基づきペアをカウント（T/Nペア確定数をカウント）
注３：QCは、研究班から提供されたペアリストを元に集計（ペアリストが解析班に届いていない症例はQCの計算は終えているが集計には含まれていない）
注４：分割納品によるデータ統合が必要な症例の統合前のものが一部症例に含まれる（それらの症例は塩基数が不足）
注５：RNA-seqのQCについて柴田班、南谷班、河野班はライブラリ情報確認中
4
➣ WGS
： 8,352
→
8,352
➣ WGS
➣ RNA-seq ： 5,548
→
5,658
➣ RNA-seq ： N :
がん種
消化器
がん
血液がん
小児がん
希少がん
代表機関・代表者
出検数
計画：1,400症例
WGS
東京大学
柴田龍弘
RNA-seq
京都大学
東京大学
東京大学
婦人科
がん
がん研
有明病院
呼吸器
がん他
国立がん研
究
センター
1_データベース構築
：塩基数，QV共に確定した数
● データ確定数（QC完了数）
● FASTQデータ受領数（T/Nペア確定数）
全体
(1/20→ 2/20)
1,400
（出検完了）
1,400
（出検完了）
： N : 8,001 → 8,176
FASTQ データ受領数
(T/Nペア確定数)
1,209
※１
0→
2
N:1194/1194,1194/1194
T:1173/1209,1209/1209
01,026 → 1,030
1,400
（出検完了）
1,397
RNA-seq
747 ※2
（出検完了）
747
WGS
1,472
（出検完了）
1,469
RNA-seq
1,015
（出検完了）
882
WGS
1,487 ※4
（出検完了）
1,487
RNA-seq
1,396
（出検完了）
1,336
WGS
1,400
（出検完了）
1,390 ※5
RNA-seq
1,366
（出検完了)
0,505 → 0,526
T:526/526
WGS
1,400
（出検完了）
1,400
N:1135/1135,1135/1135
T:1156/1156,1156/1156
RNA-seq
1,149
（出検完了）
1,052 → 1,137
加藤元博
松田浩一
森誠一
河野隆志
T :
データ確定数
(QC完了数)
塩基数，QV
WGS
南谷泰仁
T : 8,061 → 8,065
N:1324/1330,1330/1330
T:1292/1330,1329/1330
N:1460/1469,1469/1469
T:1444/1469,1469/1469
T:882/909 ※3
0 → 2,784
備考
※１：1社から300症例を受領。
追加シークエンス予定。
※２：検体の性質により、
RNAを取得できない症例あり。
※３：１症例で複数のFASTQ
データがある症例あり。
N:1477/1487,1487/1487
※４：目標の症例数を達成し
T:1497/1511,1511/1511 ※4 た上で、初発・再発解析を実
N:2/2
T:1323/1349
N:1367/1390,1390/1390
T:1269/1390,1390/1390
施した症例あり。
（最大1,558)
※５：同意撤回等（10症例）
注１：数値は速報値
注２：FASTQデータは、症例IDに基づきペアをカウント（T/Nペア確定数をカウント）
注３：QCは、研究班から提供されたペアリストを元に集計（ペアリストが解析班に届いていない症例はQCの計算は終えているが集計には含まれていない）
注４：分割納品によるデータ統合が必要な症例の統合前のものが一部症例に含まれる（それらの症例は塩基数が不足）
注５：RNA-seqのQCについて柴田班、南谷班、河野班はライブラリ情報確認中
4