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ライフサイエンスDBの在り方について (2 ページ)
出典
| 公開元URL | https://www.lifescience.mext.go.jp/2024/02/112060221.html |
| 出典情報 | 科学技術･学術審議会 研究計画・評価分科会 ライフサイエンス委員会 （第112回 2／16）《文部科学省》 |
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ライフサイエンスDBの在り方について② ー主な成果１ー
（２）ライフサイエンスデータベース統合推進事業の主な成果
NBDCにおいて、上記の方針に基づき、本事業で取り組んできた主な成果は以下のとおり。
① 統合化推進プログラム：ファンディングによる統合データベース（DB）の整備
PDBj
ChIP-Atlas
KEGG
MEDICUS
GlyCosmos
Portal
MicrobeDB.jp
Plant
GARDEN
jPOST
概要
日米欧の三極で
共同運営するタ
ンパク質立体構
造のDB
エピゲノム
(ChIP-Seq)デー
タを再解析・整
理したDB
ゲノムと疾患・
医薬品とその作
用を関連付けた
DB
糖鎖構造や糖鎖
合成遺伝子等の
糖鎖関連情報を
統合したDB
微生物の遺伝
子・分類・生育
環境等の情報を
統合したDB
さまざまな植物
のゲノムや遺伝
子情報をまとめ
たDB
生物種･翻訳後
修飾･絶対発現
量の横断的統合
プロテオームDB
データ登録件数
約21万4千
約37万6千
約1万9千
約43万8千
約190万
約1167万
約2千※プロジェクト件数
利用状況
約18万
約1万2千
約600万
約9千8百
約3千4百
約2千9百
約1万8千
論文数
35
7
3
7
-
3
7
論文被引用数※
4,772
550
6,023
120
-
51
1,216
（月平均アクセス数）
※登録データの論文引用に加え、研究構想の段階においても数多くのライフサイエンス研究で活用されていることが想定される。
・製薬会社がPDBjのタンパク質構造情報を用いて、新型コロナウイルス感染症の新規経口治療薬を開発。
・ChIP-Atlasのデータを使って解析し、心房細動に強く関与していると思われる因子（ESRRG）を発見。
② ポータルサイトの構築・各種DBサービスの提供
DBカタログ
DB横断検索
DBアーカイブ
RDFポータル
TogoVar
ヒトDB
概要
生命科学系DBのカ
タログ化
生命科学系DB790
件の横断検索サー
ビス
寄託DB153件の
アーカイブ化し公
開するサービス
RDF形式で統一し
たDB40件を集積し
たポータル
ゲノムデータから
バリアントを集積
したDB
ゲノム情報等研究
データのプラット
フォーム
利用状況
約8千
約2万
約2万
約3千
約1千
236※累計利用申請数
（月平均ユーザー数）
・ヒトDBに掲載されているJ-ADNI研究のデータセットは多数の利用申請があり、アルツハイマー病の研究で広く
2
活用され、論文が多数発表されている。
（２）ライフサイエンスデータベース統合推進事業の主な成果
NBDCにおいて、上記の方針に基づき、本事業で取り組んできた主な成果は以下のとおり。
① 統合化推進プログラム：ファンディングによる統合データベース（DB）の整備
PDBj
ChIP-Atlas
KEGG
MEDICUS
GlyCosmos
Portal
MicrobeDB.jp
Plant
GARDEN
jPOST
概要
日米欧の三極で
共同運営するタ
ンパク質立体構
造のDB
エピゲノム
(ChIP-Seq)デー
タを再解析・整
理したDB
ゲノムと疾患・
医薬品とその作
用を関連付けた
DB
糖鎖構造や糖鎖
合成遺伝子等の
糖鎖関連情報を
統合したDB
微生物の遺伝
子・分類・生育
環境等の情報を
統合したDB
さまざまな植物
のゲノムや遺伝
子情報をまとめ
たDB
生物種･翻訳後
修飾･絶対発現
量の横断的統合
プロテオームDB
データ登録件数
約21万4千
約37万6千
約1万9千
約43万8千
約190万
約1167万
約2千※プロジェクト件数
利用状況
約18万
約1万2千
約600万
約9千8百
約3千4百
約2千9百
約1万8千
論文数
35
7
3
7
-
3
7
論文被引用数※
4,772
550
6,023
120
-
51
1,216
（月平均アクセス数）
※登録データの論文引用に加え、研究構想の段階においても数多くのライフサイエンス研究で活用されていることが想定される。
・製薬会社がPDBjのタンパク質構造情報を用いて、新型コロナウイルス感染症の新規経口治療薬を開発。
・ChIP-Atlasのデータを使って解析し、心房細動に強く関与していると思われる因子（ESRRG）を発見。
② ポータルサイトの構築・各種DBサービスの提供
DBカタログ
DB横断検索
DBアーカイブ
RDFポータル
TogoVar
ヒトDB
概要
生命科学系DBのカ
タログ化
生命科学系DB790
件の横断検索サー
ビス
寄託DB153件の
アーカイブ化し公
開するサービス
RDF形式で統一し
たDB40件を集積し
たポータル
ゲノムデータから
バリアントを集積
したDB
ゲノム情報等研究
データのプラット
フォーム
利用状況
約8千
約2万
約2万
約3千
約1千
236※累計利用申請数
（月平均ユーザー数）
・ヒトDBに掲載されているJ-ADNI研究のデータセットは多数の利用申請があり、アルツハイマー病の研究で広く
2
活用され、論文が多数発表されている。