改正感染症法の流⾏初期医療確保措置による収⼊の⾮課税措置の創設等

（所得税、法⼈税、相続税、贈与税、消費税、印紙税、法⼈住⺠税、事業税、固定資産税、都市計画税、不動産取得
税、特別土地保有税、地方消費税）
1 現状



今般の新型コロナ対応において、診療報酬の特例措置や補助⾦等の財政⽀援が整備されるまでに⼀定の時間がかかり、特に流⾏初期の医療提供体制
の構築に課題があったこと等を踏まえ、令和４年12⽉９⽇に公布された「感染症の予防及び感染症の患者に対する医療に関する法律等の⼀部を改正す
る法律」において、補助⾦や診療報酬の上乗せ等による⼗分な財政⽀援が整備されるまでの間、病床確保と発熱外来に関して初動対応等を⾏う特別な
協定を締結した医療機関について、感染症流⾏前の同⽉と同⽔準の収⼊を保証する措置（以下「流⾏初期医療確保措置」という。）を規定した。
「特別な協定を締結した医療機関」の収入（イメージ）

流行初期医
療確保措置

診療報酬

補助金

保険財源

診療報酬
上乗せ

② 各保険者から、審査支払機関に対し、支援額の一定割合を支払

診療報酬
診療報酬

通常医療

診療報酬

公費

① 都道府県から、審査支払機関に対し、支援額の一定割合を支払

感染症医療

感染症医療 通常医療

（自己負担分を含
む。以下同じ。）

通常医療

診療報酬

診療報酬上乗せ・補助金
充実後（流行初期以降）

流行初期

平時（流行前）

流行初期医療確保措置の支払いスキーム（イメージ）

③ 審査支払機関から「特別な協定を締結した医療機関」に対し、支給対象月の２か月後に支払
④ 都道府県の支払い額の一定割合を国が負担

｢特別な協定を締
結した医療機関｣

③支払 審査支払
機関

①支払
②支払

都道府県

国

被用者、保険者

④一定割合
を負担

国保保険者
後期高齢広域連合

2 要望等
 医療機関が⾏う社会保険診療による収⼊は各税⽬で取扱が決まっている。流⾏初期医療確保措置による収⼊は、社会保険診療による収
⼊の実績に基づいて算定されることや、診療報酬と同様に保険料（保険者の負担）と公費によって賄われていることから、実質的に社会
保険診療による収⼊の代替となるため、税制上で同様に取り扱うことを要望し、事業税については非課税としたい。
● 社会保険診療報酬⽀払基⾦等が流⾏初期医療確保措置に係る審査や⽀払に関して作成した⽂書の印紙税について、診療報酬と同様に⾮
課税としたい。
関係する主な税制上の取扱

主な税目

関係条文
地方税法第72条の23、第72条の
49の12
医療法施行規則第30条の35の３
等

概要

社会保険診療報酬に係る事業税の
非課税措置

事業税

社会医療法人等の収入要件

法人税

支払基金の源泉徴収義務

所得税

所得税法第204条

社会保険診療報酬支払基金が個人開業医に診療報酬を支払う際は所得税を源泉徴収する。

支払基金・国保連合会の作成文書
の非課税措置

印紙税

印紙税法第５条第１項第３号、
同法別表第３

社会保険診療報酬支払基金・国民健康保険団体連合会が作成した診療報酬の支払及び診療報酬請求書
の審査に関する文書は印紙税が非課税とされている。

社会保険診療の高い公共性を鑑み、社会保険診療報酬に係る事業税が非課税とされている。
公益性の高い医療等を一定規模以上行わせることを目的に、「社会保険診療に係る収入金額等（自由
診療等の金額を除く。）の合計額が全収入金額に対して100分の80以上であること。」等が要件。

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