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資料２ 全ゲノム解析等に係るAMED研究について(中間報告) (3 ページ)
出典
| 公開元URL | https://www.mhlw.go.jp/stf/newpage_28954.html |
| 出典情報 | 厚生科学審議会 科学技術部会 全ゲノム解析等の推進に関する専門委員会（第12回 11／15）《厚生労働省》 |
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データベース構築に関する進捗状況 ～A班～
FASTQデータ受領数（T/Nペア確定数）
WGS
：1,448 → 1,486
R3年度
RNA-seq：
0 → 477
FASTQデータ受領数（T/Nペア確定数）
WGS
：
69 → 227
R4年度
RNA-seq：
0→
24
1_データベース構築
(7/20→ 10/20)
データ確定数（QC完了数）
WGS
：N：1,209 → 1,487
RNA-seq：
0
T： 1,210 → 1,488
データ確定数（QC完了数）
WGS
：N：
0→
RNA-seq：
0
T：
94
0→
96
※データ確定数：塩基数，QV共に確定した数
R3年度
代表機関・代表者
国立がん
研究
センター
出検数
計画：500症例
WGS
角南
久仁子
浦上
研一
RNA
-seq
WGS
がん研
有明病院
上野
貴之
FASTQ データ
受領数
(T/Nペア確定数)
データ確定数
(QC完了数)
塩基数，QV
499
N:500/500,500/500
T:501/501,501/501※
出検数
計画：600+α症例
FASTQ データ
受領数
(T/Nペア確定数)
データ確定数
(QC完了数)
塩基数，QV
000 → 024
N:24/24,24/24
T:24/24,24/24
24 → 109
前向き症例の
同意取得数
42 → 204
RNA
-seq
WGS
静岡がん
センター
500
（出検完了）
R4年度
478
（出検完了）
500
（出検完了）
500
（出検完了）
535
（出検完了）
0 → 477
452
24 → 109
N:452/452, 452/452
T:452/452, 452/452
0
497 → 535
161 → 418
0
202 → 470
0 → 323
N:535/535, 535/535
T:525/535, 535/535
000 → 024
159 → 299
0
69 → 203
N:70/70, 70/70
T:43/72, 71/72
181 → 342
RNA
-seq
535
（出検完了）
0
149 → 264
0
※角南班：500症例の中に重複がん（1症例で腫瘍検体が2つ）が2症例含まれるため、腫瘍検体（T）受領数は502の予定。
注１：FASTQデータは、症例IDに基づきペアをカウント
注２：QCは、研究班から提供されたペアリストを元に集計
注３：分割納品によるデータ統合が必要な症例の統合前のものが一部症例に含まれる。(それらの症例は塩基数が不足）
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FASTQデータ受領数（T/Nペア確定数）
WGS
：1,448 → 1,486
R3年度
RNA-seq：
0 → 477
FASTQデータ受領数（T/Nペア確定数）
WGS
：
69 → 227
R4年度
RNA-seq：
0→
24
1_データベース構築
(7/20→ 10/20)
データ確定数（QC完了数）
WGS
：N：1,209 → 1,487
RNA-seq：
0
T： 1,210 → 1,488
データ確定数（QC完了数）
WGS
：N：
0→
RNA-seq：
0
T：
94
0→
96
※データ確定数：塩基数，QV共に確定した数
R3年度
代表機関・代表者
国立がん
研究
センター
出検数
計画：500症例
WGS
角南
久仁子
浦上
研一
RNA
-seq
WGS
がん研
有明病院
上野
貴之
FASTQ データ
受領数
(T/Nペア確定数)
データ確定数
(QC完了数)
塩基数，QV
499
N:500/500,500/500
T:501/501,501/501※
出検数
計画：600+α症例
FASTQ データ
受領数
(T/Nペア確定数)
データ確定数
(QC完了数)
塩基数，QV
000 → 024
N:24/24,24/24
T:24/24,24/24
24 → 109
前向き症例の
同意取得数
42 → 204
RNA
-seq
WGS
静岡がん
センター
500
（出検完了）
R4年度
478
（出検完了）
500
（出検完了）
500
（出検完了）
535
（出検完了）
0 → 477
452
24 → 109
N:452/452, 452/452
T:452/452, 452/452
0
497 → 535
161 → 418
0
202 → 470
0 → 323
N:535/535, 535/535
T:525/535, 535/535
000 → 024
159 → 299
0
69 → 203
N:70/70, 70/70
T:43/72, 71/72
181 → 342
RNA
-seq
535
（出検完了）
0
149 → 264
0
※角南班：500症例の中に重複がん（1症例で腫瘍検体が2つ）が2症例含まれるため、腫瘍検体（T）受領数は502の予定。
注１：FASTQデータは、症例IDに基づきペアをカウント
注２：QCは、研究班から提供されたペアリストを元に集計
注３：分割納品によるデータ統合が必要な症例の統合前のものが一部症例に含まれる。(それらの症例は塩基数が不足）
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