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資料２ 全ゲノム解析等に係るAMED研究について(中間報告) (4 ページ)
出典
| 公開元URL | https://www.mhlw.go.jp/stf/newpage_28954.html |
| 出典情報 | 厚生科学審議会 科学技術部会 全ゲノム解析等の推進に関する専門委員会（第12回 11／15）《厚生労働省》 |
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データベース構築に関する進捗状況 ～B班～
全体
FASTQデータ受領数（T/Nペア確定数）
WGS
：7,441 → 8,161
RNA-seq：
50 → 4,734
(7/20→ 10/20)
1_データベース構築
データ確定数（QC完了数）
WGS
：N：6,735 → 7,826 T： 6,755 → 7,884
RNA-seq：
0
※データ確定数：塩基数，QV共に確定した数
がん種
消化器
がん
代表機関・代表者
東京大学
柴田龍弘
出検数
計画：1,400症例
WGS
RNA-seq
WGS
血液がん
京都大学
南谷泰仁
RNA-seq
WGS
小児がん
東京大学
加藤元博
RNA-seq
WGS
希少がん
東京大学
松田浩一
RNA-seq
婦人科
がん
がん研
有明病院
呼吸器
がん他
国立がん研
究
センター
WGS
森誠一
RNA-seq
WGS
河野隆志
RNA-seq
1,400
（出検完了）
1,400
（出検完了）
1,400
（出検完了）
747
（出検完了）
1,472
（出検完了）
1,015
（出検完了）
1,558
（出検完了）
1,396
（出検完了）
1,400
（出検完了）
1,366
（出検完了)
1,400
（出検完了）
1,149
（出検完了）
FASTQ データ受領数
(T/Nペア確定数)
データ確定数
(QC完了数)
塩基数，QV
0,988 → 1,209
N:1184/1194, 1194/1194
T:1162/1209, 1209/1209
備考
0,050 → 0,709
1,315
N: 1309/1315, 1315/1315
T: 1278/1315, 1314/1315
0,000 → 0,747
1,157 → 1,375
N:1368/1375, 1168/1375
T:1368/1375, 1168/1375
0,000 → 0,909
1,481 → 1,484
N:1407/1417, 1409/1417
T:1427/1441, 1436/1441
0,000 → 1,351
1,400
N:1368/1391, 1391/1391
T:1272/1391, 1391/1391
０
1,100 → 1,387
FASTQデータ受領数は
再確認中。
N:1128/1134, 1128/1134
T:1150/1153, 1148/1153
0,000 → 0,932
注１：FASTQデータは、症例IDに基づきペアをカウント
注２：QCは、研究班から提供されたペアリストを元に集計
注３：分割納品によるデータ統合が必要な症例の統合前のものが一部症例に含まれる（それらの症例は塩基数が不足）
4
全体
FASTQデータ受領数（T/Nペア確定数）
WGS
：7,441 → 8,161
RNA-seq：
50 → 4,734
(7/20→ 10/20)
1_データベース構築
データ確定数（QC完了数）
WGS
：N：6,735 → 7,826 T： 6,755 → 7,884
RNA-seq：
0
※データ確定数：塩基数，QV共に確定した数
がん種
消化器
がん
代表機関・代表者
東京大学
柴田龍弘
出検数
計画：1,400症例
WGS
RNA-seq
WGS
血液がん
京都大学
南谷泰仁
RNA-seq
WGS
小児がん
東京大学
加藤元博
RNA-seq
WGS
希少がん
東京大学
松田浩一
RNA-seq
婦人科
がん
がん研
有明病院
呼吸器
がん他
国立がん研
究
センター
WGS
森誠一
RNA-seq
WGS
河野隆志
RNA-seq
1,400
（出検完了）
1,400
（出検完了）
1,400
（出検完了）
747
（出検完了）
1,472
（出検完了）
1,015
（出検完了）
1,558
（出検完了）
1,396
（出検完了）
1,400
（出検完了）
1,366
（出検完了)
1,400
（出検完了）
1,149
（出検完了）
FASTQ データ受領数
(T/Nペア確定数)
データ確定数
(QC完了数)
塩基数，QV
0,988 → 1,209
N:1184/1194, 1194/1194
T:1162/1209, 1209/1209
備考
0,050 → 0,709
1,315
N: 1309/1315, 1315/1315
T: 1278/1315, 1314/1315
0,000 → 0,747
1,157 → 1,375
N:1368/1375, 1168/1375
T:1368/1375, 1168/1375
0,000 → 0,909
1,481 → 1,484
N:1407/1417, 1409/1417
T:1427/1441, 1436/1441
0,000 → 1,351
1,400
N:1368/1391, 1391/1391
T:1272/1391, 1391/1391
０
1,100 → 1,387
FASTQデータ受領数は
再確認中。
N:1128/1134, 1128/1134
T:1150/1153, 1148/1153
0,000 → 0,932
注１：FASTQデータは、症例IDに基づきペアをカウント
注２：QCは、研究班から提供されたペアリストを元に集計
注３：分割納品によるデータ統合が必要な症例の統合前のものが一部症例に含まれる（それらの症例は塩基数が不足）
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