地域医療構想実現に向けた税制上の優遇措置の創設
（登録免許税）
１．大綱の概要（令和３年度税制改正大綱）
関係法令の改正を前提に、改正法の施行の日から令和５年３月31日までの間の措置として、医療機関の開設者が、
再編計画に基づき、医療機関の再編に伴い取得する土地又は建物の所有権の移転登記等に対する登録免許税の税率を、
次のとおり軽減する措置を講ずる。
① 土地の所有権の移転登記 1,000分の10（本則：1,000分の20）
② 建物の所有権の保存登記 1,000分の２（本則：1,000分の４）

２．制度の内容
厚生労働大臣が認定した再編計画（地域医療構想調整会議において合意されていることが条件）に基づく、再編のために取得し
た資産（用地・建物）について、登録免許税の税率を軽減する。
再編計画認定までのプロセス

複数病院の再編に係る
税制支援の具体的イメージ

再編を検討している複数医療機関

（実際に行われた再編事例をもとにした想定）
【不動産取得に伴う税負担】

Ａ病院：200床

④厚生労働省へ再編計画を提出
（都道府県を経由）

（千円）

登録
免許税

Ａ病院：200床

再編後のＡ総合病院
220床

Ｂ病院：50床
無床診療所へ移行

①再編計画を策定

Ｂ病院：50床
無床診療所へ移行

再編後のＡ総合病院
220床

【再編に伴う不動産取得額（仮定）】
・土地取得価格 140,000 千円
・建物取得価格 350,000 千円

税制
措置前

４,２００

税制
措置後

２,１００

厚生労働大臣（厚生労働省）
・提出された再編計画について、所定の
要件を満たすものであるか確認を行い、適当
⑤再編計画の認定
であると認められる場合は認定を行う。

③調整会議で協議し、合意

②地域医療構想調整会議に諮る

・再編計画の認定に当たっては、
必要に応じて関係都道府県の
意見を聴収する。

地域医療構想調整会議（各都道府県）
・提出された再編計画について、
当該構想区域における2025年の
必要病床数と整合性がとれているも
のであるか協議を行う。

・各都道府県は、地域医療構想調
整会議において、再編計画の内容
を確認するものとする。

⑥再編計画を認定した旨を
都道府県へ通知