民間検査機関の検体に基づくゲノムサーベイランス（検証中）によるBA.2検出の推定
背景
全国の変異株の発生動向を監視するためのゲノムサーベイランスの確立を目指し、今般、民間検査機関から得られた全国400検体を用いた検証を感染研で行うこ
ととした。
対象
•

国内の民間検査機関2社に集められた検体

•

全国（※１）で合計400検体/週を目途に検査（A社140検体/週、B社検体260/週）

•

毎日、検査機関側で、ランダムに20-50検体を抽出（※２）した後、ゲノム解析検査を実施し、感染研病原体ゲノム解析研究センターのCOG-Jpを用いたデータ
解析後に、週ごとに感染研病原体ゲノム解析研究センターに報告（同時に感染研病原体ゲノム解析研究センターでもCOG-Jpで共有されたデータを解析）
※１

A社では、全国一律の検体プールからランダムに抽出。B社では、10のエリアに分けた地域ごとにサンプル数を決め、
地域ごとにランダムに抽出。地域性を一定程度考慮しているが、分布については検討中。

※２

A社20検体/日、B社平日70-75%(50検体/日)、休日25-30%(25検体/日）

BA.2検出率解析方法
•

ゲノム解析データを基に、PANGO lineageを決定（病原体ゲノム解析研究センターで実施）。

•

最終的に全てのウイルスがオミクロン株BA.2に置き換わることを前提に、Lineageが判明した検体数（解析不能分を除く）に占めるBA.2検出検体の割合につい
て、ロジスティック成長モデルにフィットさせ推定を行った。

考察
•

都道府県別のランダムな対象の抽出に厳密な基準を設定していないこと、及び各地域の対象数を考慮すると、地域（都道府県別）の偏りについては検査時点
では考慮不可（後に判明）であり、地域ごとの代表性の確保はできない（原則、全国と限られた地域での分析のみ考慮）。

•

本サーベランスの対象は、民間検査機関に集められた検体で、個別に医療機関を受診した症例の検査検体が中心であり、集団発生の影響が比較的少なく、実
際の地域の感染状況を反映しやすいと考えられる。

•

GISAIDのデータより、１～２週間早く解析できる。

•

今後、実際のBA.2検出の推移と本推定との検証が必要。

73

73