３．消費税及び地方消費税に係る仕入控除税額報告書の処理について
医政局が所管する補助金等に係る消費税及び地方消費税（以下「消費税等」という。）
の仕入控除税額については、各交付要綱の定めるところにより補助事業者（間接補助
の場合は間接補助事業者をいう。以下同じ。）から報告書を提出いただき、その全部
又は一部を国庫又は都道府県に納付することとしているところである。
当該事務については各都道府県の御協力をいただき、提出された報告書に係る作業
を順次進めてきたところであるが、以下のような課題も発生しているため、各都道府
県におかれては御留意の上作業を行っていただくようお願いする。
（１）報告書の確認等について
仕入控除税額報告書の必要書類及び返還金の計算方法については、平成 17
年９月 20 日医政発第 0900006 号「医療施設等施設整備費補助金、医療施設等
設備整備費補助金等の消費税及び地方消費税に係る事務処理の適正化につい
て」によりお示ししているところであるが、書類の不備や計算方法の誤り等が
少なからず発生しているところである。
各都道府県においては、当該医政局長通知を再度ご確認いただいて作業を行
っていただくとともに、ご不明な点があれば、随時医療経理室決算第一係まで
お問い合わせいただくようお願いする。
（２）予算措置について
国庫への返還金については都道府県において予算措置を行う必要があるた
め、返還金が生じる報告書を提出いただいた場合は、国から返還命令を発出し
た後、すみやかに返還手続きを行えるよう、予算措置について報告書の提出と
併せて準備をお願いする。
なお、返還時期については例年３月中旬～４月中旬となっているため、都道
府県において担当者の人事異動等があった場合においても、担当者間で適切に
引き継いでいただく等、返還手続に漏れがないようお願いする。
（３）補助事業者への周知について
医政局所管の補助金については仕入控除税額に係る返還の規定が全ての交
付要綱に定められているところである。各都道府県におかれては適宜注意喚起
等を行っていただき、報告書の提出漏れのないよう周知をお願いする。
（４）報告書の提出について
報告書の提出時期については、各補助金に係る交付要綱において、補助事業
完了後に、消費税及び地方消費税の申告により補助金に係る消費税及び地方消
費税に係る仕入控除税額が確定した場合には速やかに、遅くとも補助事業完了