改正感染症法の流行初期医療確保措置による収入の非課税措置の創設等

（所得税、法人税、相続税、贈与税、印紙税、個人住民税、法人住民税、事業税、固定資産税、都市計画税、不動産取得税、
特別土地保有税）

1 大綱の概要

感染症の予防及び感染症の患者に対する医療に関する法律の改正に伴い、流行初期医療確保措置に係る収入について社会保険診療報酬の所得計算の特

例の対象となることを明確化する措置や事業税を非課税とする措置等を講ずることとする。

2 制度の内容
＜流行初期医療確保措置について＞
「特別な協定を締結した医療機関（※）」の収入（イメージ）
平時（流行前）

診療報酬
上乗せ等

公費
保険財源

① 都道府県から、審査支払機関に対し、支援額の一定割合を支払

感染症医療

感染症医療

診療報酬

診療報酬

診療報酬

診療報酬

通常医療

通常医療

通常医療

診療報酬

（自己負担分を
含む。以下同
じ。）

流行初期

流行初期医
療確保措置

流行初期医療確保措置の支払いスキーム（イメージ）

診療報酬上乗せ等充実後
（流行初期以降）

（※）一定の基準（流行初期に30床以上の病床確保又は20人以上の発熱外来を行う等）を参酌
して都道府県知事が定める基準を満たす協定を締結した医療機関

② 各保険者から、審査支払機関に対し、支援額の一定割合を支払
③ 審査支払機関から「特別な協定を締結した医療機関」に対し、支給対象月の２か月後に
支払
④ 都道府県の支払い額の一定割合を国が負担

｢特別な協定を締
結した医療機関｣
③支払 審査支払
機関

①支払
②支払

都道府県

国

被用者、保険者

④一定割合
を負担

国保保険者
後期高齢広域連合

・ 感染症の予防及び感染症の患者に対する医療に関する法律（平成10年法律第114号）の改正に伴い、措置される流行初期医療確保措置に係る収入は、
社会保険診療による収入の代替となるため、税制上で同様に取り扱うこととし、以下の措置等を講ずる。
関係する主な税制上の取扱

主な税目

関係条文

概要

社会保険診療報酬に係る事業税
の非課税措置

事業税

地方税法第72条の23、第72条
の49の12

社会保険診療の高い公共性を鑑み、社会保険診療報酬に係る事業税が非課税とされており、流行初期
医療確保措置に係る収入についてもその対象に加える。

社会保険診療報酬の所得計算の
特例

所得税

租税特別措置法第26条第１項、
第２項、第67条第１項

小規模医療機関の事務処理の負担を軽減することにより、その経営の安定化を図り、地域医療に専念
させることを目的として、社会保険診療につき支払を受ける金額について概算で経費を計上できる特
例（四段階税制）について、流行初期医療確保措置に係る収入がその対象となることを明確化する。

社会医療法人等の収入要件

法人税

医療法施行規則第30条の35の
３ 等

公益性の高い医療等を一定規模以上行わせることを目的に、「社会保険診療に係る収入金額等（自由
診療等の金額を除く。）の合計額が全収入金額に対して100分の80以上であること。」の要件の
「社会保険診療に係る収入金額」に流行初期医療確保措置に係る収入が含まれることを明確化する。

支払基金の源泉徴収義務

所得税

所得税法第204条

社会保険診療報酬支払基金が個人開業医に診療報酬を支払う際は所得税を源泉徴収しており、その対
象に流行初期医療確保措置に係る収入を加える。

支払基金・国保連合会の作成文
書の非課税措置

印紙税

印紙税法第５条第１項第３号、
同法別表第３

社会保険診療報酬支払基金・国民健康保険団体連合会が作成した診療報酬の支払及び診療報酬請求書
の審査に関する文書は印紙税が非課税であり、流行初期医療確保措置に関する文書も非課税とする。
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