セクション A:
薬剤耐性菌

A5: ゲノムサーベイランス
A5.1 ゲノムサーベイランス
厚生労働科学研究費補助金による研究では、サルモネラ（non-typhoidal Salmonella spp.）、カンピロ
バクター（Campylobacter spp.）、大腸菌（Enterococcus spp.）を対象とした菌株のゲノム解析を実施し
ています。ヒト由来の耐性菌株が食品由来株及び動物由来株とゲノムレベルでどれだけ類似しているの
かを下のみの塩基配列データの比較によって探っています。
その結果、サルモネラでは、食品由来株と動物由来株では上位 3 種の血清型の分布が一致していまし
たが、これら二つの由来株とヒト由来株の間には血清型の分布に違いが確認されました。ヒト由来株で
は、Enteritidis（20 %）、4:i:-（10 %）、Thompson（8 %）が多いものの、全体としては非常に多様でした。
カンピロバクターでは、C. jejuni と C. coli それぞれにおいて、由来間で CC（Clonal Complex、または
ST）の内訳を比較すると、いずれの主でも由来間で CC 内訳の明瞭な類似は認められませんでした。ま
た、C. coli は C. jejuni よりもテトラサイクリン耐性に寄与する遺伝子、マクロライド耐性に寄与する変異、
アミノグリコシド耐性に寄与する遺伝子の保有割合が高くなりました。
大腸菌では、E. faecium と E. faecalis はともに食品とヒトの両方から分離され、その割合は、E. faecium
はヒトのほうが多く、E. faecalis は食品のほうが多くなりました。

Non-typhoidal Salmonella enterica 1613 株のコアゲノム系統樹と各株の血清型、由来（ヒト、食品、
動物）、由来別検査材料、及び ESBL または ampC 遺伝子（通常プラスミド上に存在する）、ホスホマイ
シン耐性遺伝子、テトラサイクリン耐性遺伝子、トリメトプリム耐性遺伝子、カナマイシン耐性遺伝子、マ
クロライド耐性遺伝子の主要な種類と保有の有無

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