(４) 環境
一般的に、人的活動による汚物は下水処理場等の生活排水処理施設で排水基準まで処理されてその
排出水が排水基準に適合したときに環境（河川・海洋）へと放流される。ワンヘルス・アプローチに
基づく環境 AMR で注視すべき対象は、人的活動による汚物が下水処理場等の生活排水処理施設で排
水基準まで処理された排出水が排水基準に適合したときに環境（河川・海洋）へと放流される環境水
の中にどのような薬剤耐性菌（遺伝子）が存在し、我々の日常生活へどのように循環しリスクへと発
展しうるのかを評価することにある。

① 厚生労働省の厚生労働科学研究による結果
我が国における調査法の確立及び実態調査
現状、どの程度の薬剤耐性菌（AMR bacteria：ARB）およびそれらに由来する薬剤耐性遺伝子
（AMR gene：ARG）が環境へと排出され、その環境に負荷を与え続けているのかについて、定量的
な報告はわずかであり、系統だった全国調査が重要であることから、本邦における継続的な環境
AMR 調査のため、厚生労働省科学研究「環境中における薬剤耐性菌及び抗微生物剤の調査法等の確
立のための研究. 代表: 金森肇

H30-R02、R03-R05」（以下「金森班」という。）が編成された。平

成 30 年度～令和 2 年度の 3 年間において本研究班で環境 AMR モニタリングに資する手順書を作成
し、環境水の薬剤耐性菌及び残留抗菌薬の調査方法の確立に向けた研究を実施した。この研究によっ
て放流処理水の環境 AMR モニタリング調査を全国展開するための体制を構築し、地方自治体の環境
負荷の実態が遺伝子レベルで解明した。また、国内外の文献レビューを行い、環境中の薬剤耐性に関
する現状と課題を明らかにした。
平成 30 年度～令和 4 年度にかけて、次世代シークエンサーによる環境水から ARG 等の網羅的配列
解読法（メタゲノム解析）を構築し（国立感染症研究所・病原体ゲノム解析研究センター）、44 自
治体から提供を受けた下水処理場・放流処理水サンプル（2018 夏・８月、2019 冬・２月、2019 夏・
8 月、2020 冬・2 月、2020 夏・8 月、2021 冬・２月、2021 夏・8 月、2022 冬・2 月、2022 夏・8
月の計 515 サンプル）のメタゲノム解析を実施した。5 年間（計 9 回）の継続調査の結果、2020 年
冬以降から新型コロナウイルス発生の影響と推定される ARG の増減が確認された。サルファ剤
（Sulphonamide）耐性遺伝子が 2020 年冬までは増加傾向であったところ、2020 年夏で顕著な減少
を示し、2022 年冬までの２年間は低い水準を維持していた。マクロライド耐性遺伝子は 2020 年冬に
減少傾向を一旦示すものの、2022 年冬では新型コロナウイルス発生以前の水準にまで増加し戻って
いることが確認された。また、キノロン耐性遺伝子においても同様の減少傾向が見られ、ヒトに対す
るキノロン系薬の使用量が減少したこととの関連が示唆されるが、キノロン耐性大腸菌の分離状況と
は乖離が見られた。金森班におけるメタゲノム解析では水平伝達により獲得した oqx および qnr 遺伝
子を検出対象としているが、キノロン剤阻害ターゲットである gyrA および parC 遺伝子上のキノロン
耐性決定領域（quinolone resistance– determining regions：QRDR）の変異は判定していない。水
平伝達により獲得したキノロン耐性遺伝子の頻度が低下して好ましい状況へ近づきつつある可能性が
あるが、更なる調査の継続が重要である。本研究で用いたメタゲノム解析法は世界的なメタゲノム解
析法に準じており、各国報告と比較する上でも重要である。引き続き、自治体の協力のもと年 2 回
（夏および冬）の全国調査を実施し、本邦の環境 AMR（Resistome）の基盤を整備していく予定で
ある。

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