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（５）ゲノムサーベイランス
① ヒト由来薬剤耐性菌と食品由来、動物由来薬剤耐性菌のゲノム比較
薬剤耐性ワンヘルス動向調査報告書ではこれまで、薬剤耐性菌が問題となる菌種の薬剤感受性デー
タの経年的な動向を報告してきた。特に、non-typhoidal Salmonella spp.については、ヒト由来株と
食品由来株のデータを併記し、ヒト由来株と食品由来株での類似性等を報告してきた。しかし、ヒ
ト、食品、動物等の間で薬剤耐性菌がどれだけ伝播しているのかは、薬剤感受性データからは分から
ない。その観点から、厚生労働科学研究費補助金（食品の安全確保推進研究事業）の研究班で、表 74
に示す菌株のゲノム解析を実施している。具体的には、non-typhoidal Salmonella spp.に加えて

Campylobacter spp.および Enterococcus spp.を対象とし、ヒト由来の耐性菌株が、食品由来株およ
び動物由来株とゲノムレベルでどれだけ類似しているのか（その類似度が、食品、動物、ヒト間で耐
性菌が伝播したと考えられる事例は見つかるかどうか）を、ゲノムの塩基配列データの比較によって
探った。
表 74 ゲノム解析を実施した菌株
由来

分離年

Salmonella spp.

食品

2017-2022

563 (74-111)

地方衛生研究所

(non-typhoidal)

ヒト

2017-2022

623 (90-126)

地方衛生研究所

動物

2019-2022

427 (96-129)

動物医薬品検査所

食品

2024

57

国立医薬品食品衛生研究所

ヒト

2018, 2021-2023

261 (45-106)

東京都健康安全研究センター

動物

2018-2021

364 (18-146)

動物医薬品検査所

食品

2016-2019, 2021

38 (8-11)

群馬大学

ヒト

2020

34

国立感染症研究所

Campylobacter spp.

Enterococcus spp.

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株数

分類群

(年当たり最小-最大）

収集担当機関

non-typhoidal Salmonella spp.
2021～2024 年に国立感染症研究所が受け入れ、ゲノム解析を実施した non-typhoidal Salmonella
spp. 1,613 株についてコアゲノム（解析対象全株に共通して存在する遺伝子を、特定の参照株を用いず
に抽出して連結した塩基配列）の SNP（一塩基多型）に基づいて系統樹を作成し、その系統樹の右側
に、各株の血清型、由来（ヒト、食品、動物）及び由来別の検査材料の情報と、ゲノム解析から判明
した ESBL または AmpC 遺伝子（通常はプラスミド上に存在する）の種類と保有の有無、ホスホマイ
シン耐性遺伝子、テトラサイクリン耐性遺伝子、トリメトプリム耐性遺伝子、カナマイシン耐性遺伝
子、マクロライド耐性遺伝子の主要な種類と保有の有無を示した（図４）。本ゲノム解析に供した
non-typhoidal Salmonella spp.株は、2017～2022 年に地方衛生研究所において分離・保存され、薬剤
感受性試験を行った株（p.32, ii. non-typhoidal Salmonella spp. 参照。ヒト由来株は、感染性胃腸炎や
食中毒の患者検体から分離されたものであり、食品由来株は、国産及び輸入の鶏肉を主に含む複数の
食品から分離されたもので、食中毒菌汚染実態調査や自治体の収去検査のように食品をターゲットに
分離されたものや食中毒事例から分離されたもの等を含む）からランダムに提供されたもの、及び
2019~2022 年に動物由来薬剤耐性菌モニタリング（JVARM）で、薬剤感受性試験を行い、動物医薬品

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